Plusieurs études génétiques publiées depuis 2009, dont la première étude systématique paléogénétique de l'ADN des populations préhistoriques européennes, publiée en 2015, appuient l'hypothèse kourgane[14]. Une migration très importante de populations issues de la culture Yamna s'est produite depuis les steppes pontiques vers le centre-nord de l'Europe, puis les autres parties de l'Europe, à partir d'environ 2800 av. J.-C. Elle a donné naissance à la culture de la céramique cordée. Ces deux cultures jouent un rôle central dans l'hypothèse kourgane[15]. L'étude de 2015 est considérée comme un tournant majeur dans la connaissance de l'origine des Européens[16].
Toutefois, en 2018, le paléogénéticien David Reich, professeur à la Harvard Medical School, auteur des principales études réalisées sur l'ADN ancien depuis les années 2010, écrit dans son dernier ouvrage que, selon lui, l'origine des Proto-Indo-Européens se situerait, non pas dans la steppe pontique, mais plus probablement dans le sud du Caucase[17].
De même, pour Russell Gray (en), directeur du département d'évolution culturelle et linguistique de l'Institut Max-Planck d'anthropologie évolutionniste, « selon nous, la meilleure hypothèse est celle qui réunit des données génétiques et linguistiques. Ils [les Proto-Indo-Européens] auraient vécu à l'est du croissant fertile il y a environ 8 000 ans (...) Nous pensons en effet que l'origine se trouve ici, au sud du Caucase, dans l'Anatolie orientale, en Arménie, et peut-être dans le nord de l'Iran, il y a environ 8 000 ans »[18].
Leur horizon temporel étant différent, l'hypothèse kourgane et l'hypothèse sud-caucasienne ne paraissent pas incompatibles.
